Me qëllim që ta ndihmojë zhvillimin e shkencave albanologjike në përgjithësi, gjatë këtyre viteve, Instituti është përpjekur ta formojë një bibliotekë shkencore të specializuar. Fondin e librave të kësaj biblioteke e shfrytëzojnë jo vetëm punëtorët shkencorë të Institutit, por edhe të gjithë bashkëpunëtorët e jashtëm dhe të interesuarit e tjerë.
Sot Instituti në fondin e vet ka rreth 20.000 tituj librash, 130 dorëshkrime e fotokopje dhe rreth 17.000 revista të ndryshme. Ky fond është arritur kryesisht nëpërmjet blerjes, këmbimit dhe donacioneve. Biblioteka ka bashkëpunuar me shumë biblioteka e institucione shkencore në vend dhe në botë e në veçanti me institucionet shkencore, kulturore e arsimore të Shqipërisë.
Edhe biblioteka e Institutit ka kaluar nëpër sfida të historisë. Pas vitit 1981, për shkak të situatës së krijuar në Kosovë, është ndërprerë bashkëpunimi ndërkombëtar. Deri në mars të vitit 1994, fondi i Bibliotekës është ruajtur dhe mbrojtur me të gjitha normat standarde. Pas largimit me dhunë të punëtorëve të Institutit nga ndërtesa e tyre, fondi i Bibliotekës u vendos në shtëpi private të disa qytetarëve të Prishtinës.
Pas luftës në Kosovë dhe kthimit të punëtorëve në objektin e Institutit Albanologjik edhe fondi i librave u kthye në vendin e vet dhe sot është aty ku ka qenë. Bashkëpunimi me biblioteka e institucione kombëtare e ndërkombëtare është rikthyer dhe janë bërë bashkëpunime. Biblioteka e Institutit Albanologjik është pasuruar vazhdimisht me tituj e botime të reja e cila së shpejti do të marrë formën elektronike të shfrytëzimit të saj. Hapësira e sallës së vendosjes së librit, me rinovimin e objektit të Institutit, është dyfishuar.
